5137096: 特定の麹菌の同定方法

概要

黄麹菌Aspergillus oryzaeのアフラトキシン生合成系遺伝子ホモログクラスタのほとんどを欠失したグループ3菌株を簡易に同定するための方法。

請求項1

麹菌のゲノムDNA中に、配列表の配列番号1に示す塩基配列中の3018ntと3019ntの間の分断部位Aが存在すること、又は、配列番号2に示す塩基配列中の2453ntと2454ntの間の分断部位Bが存在することを指標として、アフラトキシン生合成遺伝子群類似配列の一部を欠損する麹菌を同定することを含む麹菌の同定方法。

請求項2

配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーと、前記分断部位Aを含む部分領域にハイブリダイズするプライマーとを用い、麹菌のゲノムDNAを鋳型とした核酸増幅法を行ない、増幅が起きるか否かに基づいて行なう請求項1記載の方法。

請求項3

請求項4

請求項5

前記各プライマーのサイズが18塩基以上である請求項2ないし4のいずれか1項に記載の方法。

請求項6

配列番号6と配列番号7にそれぞれ示される塩基配列を有する一対のプライマーを用いて行なう請求項5記載の方法。

請求項7

配列表の配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーと、前記分断部位Bを含む部分領域にハイブリダイズするプライマーとを用い、麹菌のゲノムDNAを鋳型とした核酸増幅法を行ない、増幅が起きるか否かに基づいて行なう請求項1記載の方法。

請求項8

請求項9

前記1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域中の連続する15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有し、前記分断部位を含む部分領域にハイブリダイズするプライマーが、前記分断部位Bを含む連続する15塩基以上の領域と相補的な領域と同一の塩基配列を有する、請求項8記載の方法。

請求項10

前記各プライマーのサイズが18塩基以上である請求項7ないし9のいずれか1項に記載の方法。

請求項11

配列表の配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーと、配列番号1に示す塩基配列中の3019nt以降のテロメア領域領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーとを用いた核酸増幅法又は配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーと、配列番号2に示す塩基配列中の2453nt以降のテロメア領域領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーとを用いた核酸増幅法であって3000bp以下のサイズの領域を増幅する核酸増幅法を行ない、該3000bp以下のサイズの断片の増幅が起きるか否かに基づいて行なう、アフラトキシン生合成遺伝子群類似配列の一部を欠損する麹菌を同定することを含む麹菌の同定方法。

請求項12

前記配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域中の連続する15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有し、前記配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域中の連続する15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有し、前記配列番号1又は配列番号2に示す塩基配列中のテロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1又は2に示すテロメア領域と相補的な15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有する、請求項11記載の方法。

請求項13

前記配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域中の連続する15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有し、前記配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域中の連続する15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有し、前記配列番号1又は配列番号2に示す塩基配列中のテロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1又は2に示すテロメア領域と相補的な15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有する、請求項12記載の方法。

請求項14

前記各プライマーのサイズが18塩基以上である請求項12又は13記載の方法。

請求項15

配列番号4と配列番号5にそれぞれ示される塩基配列を有する一対のプライマーを用いて行なう請求項14記載の方法。

請求項16

配列表の配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーと、配列番号1に示す塩基配列中の3018ntと3019ntの間の分断部位Aを含む部分領域又はテロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーとから成る、アフラトキシン生合成遺伝子群類似配列の一部を欠損する麹菌を同定するためのプライマーセット。

請求項17

前記1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域中の連続する15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有し、前記分断部位Aを含む部分領域にハイブリダイズするプライマーが、前記分断部位Aを含む連続する15塩基以上の領域と相補的な領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有し、前記テロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1に示すテロメア領域と相補的な15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有する請求項16記載のプライマーセット。

請求項18

前記1nt～3018ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1に示す塩基配列中の1nt～3018ntの領域中の連続する15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有し、前記分断部位Aを含む部分領域にハイブリダイズするプライマーが、前記分断部位Aを含む連続する15塩基以上の領域と相補的な領域と同一の塩基配列を有し、前記テロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号1に示すテロメア領域と相補的な15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有する請求項16記載のプライマーセット。

請求項19

前記各プライマーのサイズが18塩基以上である請求項17又は18記載のプライマーセット。

請求項20

配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーと、配列番号2に示す塩基配列中の2453ntと2454ntの間の分断部位Bを含む部分領域又はテロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーとから成る、アフラトキシン生合成遺伝子群類似配列の一部を欠損する麹菌を同定するためのプライマーセット。

請求項21

前記1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域中の連続する15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有し、前記分断部位Bを含む部分領域にハイブリダイズするプライマーが、前記分断部位Bを含む連続する15塩基以上の領域と相補的な領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有し、前記テロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示すテロメア領域と相補的な15塩基以上の領域又はそれらの10%以下の塩基が置換した領域と同一の塩基配列を有する請求項20記載のプライマーセット。

請求項22

前記1nt～2453ntの領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示す塩基配列中の1nt～2453ntの領域中の連続する15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有し、前記分断部位Bを含む部分領域にハイブリダイズするプライマーが、前記分断部位Bを含む連続する15塩基以上の領域と相補的な領域と同一の塩基配列を有し、前記テロメア領域内の部分領域にハイブリダイズするプライマーが、配列番号2に示すテロメア領域と相補的な15塩基以上の領域と同一の塩基配列を有する請求項21記載のプライマーセット。

請求項23

前記各プライマーのサイズが18塩基以上である請求項21又は22記載のプライマーセット。