6179936: 麴菌株の系統判定方法及び醸造特性予測法

概要

麴菌株の系統分類方法について、低コストで汎用性方法を提供する。さらに、系統分類結果に基づき醸造特性を予測する方法を提供する。

請求項1

下記プライマーセット群Aと、下記プライマーセット群B～Fのいずれか1つとを組み合わせて用いて、麹菌ゲノムDNAを鋳型としてPCRを行なうことを含む、麹菌株の系統判定方法。

プライマーセット群A

配列番号5に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号6に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(3))、配列番号7に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号8に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(4))、 配列番号11に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号12に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(6))、配列番号13に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号14に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(7))、及び配列番号15に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号16に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(8))。

プライマーセット群B

配列番号3に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号4に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(2))、及び配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))。

プライマーセット群C

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))、及び配列番号19に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号20に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(10))。

プライマーセット群D

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))、及び配列番号21に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号22に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(11))。

プライマーセット群E

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))、及び配列番号25に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号26に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(13))。

プライマーセット群F

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号3に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号4に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(2))、配列番号9に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号10に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(5))、及び配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))。

請求項2

プライマーセット(1)が、配列番号1に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(2)が、配列番号3に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号4に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(3)が、配列番号5に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号6に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(4)が、配列番号7に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号8に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(5)が、配列番号9に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号10に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(6)が、配列番号11に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号12に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(7)が、配列番号13に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号14に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(8)が、配列番号15に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号16に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(9)が、配列番号17に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(10)が、配列番号19に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号20に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(11)が、配列番号21に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号22に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(13)が、配列番号25に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号26に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットである、請求項1記載の方法。

請求項3

増幅の有無、又は増幅の有無及び増幅産物のサイズに基づいて前記麹菌株の系統を判定する、請求項1又は2記載の方法。

請求項4

プライマーセット群A及びBを組み合わせて使用し、さらに、プライマーセット(1)、(5)及び(10)～(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を組み合わせて使用する、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

請求項5

プライマーセット群A及びCを組み合わせて使用し、さらに、プライマーセット(2)、(5)及び(11)～(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を組み合わせて使用する、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

請求項6

プライマーセット群A及びDを組み合わせて使用し、さらに、プライマーセット(2)、(5)、(10)、(12)及び(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を組み合わせて使用する、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

請求項7

プライマーセット群A及びEを組み合わせて使用し、さらに、プライマーセット(2)、(5)、(10)～(12)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を組み合わせて使用する、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

請求項8

プライマーセット群A及びFを組み合わせて使用し、さらに、プライマーセット(10)～(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を組み合わせて使用する、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。

請求項9

プライマーセット(12)が、配列番号23に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットである、請求項4ないし8のいずれか1項に記載の方法。

請求項10

以下の基準との対比により13系統のいずれに分類されるかを判定する、請求項4ないし9のいずれか1項に記載の方法。

A系統は、 プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で2本増幅、プライマーセット(3)で増幅なし、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、 プライマーセット(6)で1本増幅、 プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で増幅なし、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

B系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で増幅なし、プライマーセット(7)で1本増幅、 プライマーセット(8)で増幅なし、プライマーセット(9)で増幅なし、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

Sake/Miso系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で増幅なし、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で増幅なし、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で増幅なし、プライマーセット(9)で増幅なし、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で増幅なし、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

SO1系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で増幅なし、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で増幅なし、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

SO2系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で増幅なし、プライマーセット(3)で増幅なし、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で増幅なし、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で増幅なし、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

SO3系統は、プライマーセット(1)で増幅なし、プライマーセット(2)で2本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で増幅なし、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で増幅なし、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で増幅なし、プライマーセット(13)で1本増幅。

SO4系統は、プライマーセット(1)で増幅なし、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で増幅なし、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で増幅なし、プライマーセット(12)で増幅なし、プライマーセット(13)で増幅なし。

C系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で1本増幅、プライマーセット(7)で増幅なし、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

RIB40-1系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で600bp～700bpのサイズで1本増幅、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で1本増幅、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

RIB40-2系統は、プライマーセット(1)で増幅なし、プライマーセット(2)で2本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で600bp～700bpのサイズで1本増幅、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で1本増幅、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で1本増幅、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で増幅なし。

NS1系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で600bp～700bpのサイズで1本増幅、プライマーセット(5)で増幅なし、プライマーセット(6)で1本増幅、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で増幅なし、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

NS2系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で2本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で400bp～500bpのサイズで1本増幅、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で1本増幅、プライマーセット(7)で1本増幅、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で増幅なし、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

NS3系統は、プライマーセット(1)で1本増幅、プライマーセット(2)で1本増幅、プライマーセット(3)で1本増幅、プライマーセット(4)で増幅なし、プライマーセット(5)で1本増幅、プライマーセット(6)で1本増幅、プライマーセット(7)で増幅なし、プライマーセット(8)で1本増幅、プライマーセット(9)で増幅なし、プライマーセット(10)で1本増幅、プライマーセット(11)で1本増幅、プライマーセット(12)で1本増幅、プライマーセット(13)で1本増幅。

請求項11

請求項1ないし10のいずれか1項に記載の方法により麹菌株の系統を判定し、系統に基づいて麹菌株の醸造特性を予測することを含む、麹菌株の醸造特性の予測方法。

請求項12

下記プライマーセット群Aと、下記プライマーセット群B～Fのいずれか1つとを含む、麹菌株の系統判定用プライマーセット。

プライマーセット群A

配列番号5に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号6に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(3))、配列番号7に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号8に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(4))、配列番号11に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号12に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(6))、配列番号13に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号14に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(7))、及び配列番号15に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号16に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(8))。

プライマーセット群B

配列番号3に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号4に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(2))、及び配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))。

プライマーセット群C

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))、及び配列番号19に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号20に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(10))。

プライマーセット群D

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))、及び配列番号21に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号22に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(11))。

プライマーセット群E

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))、及び配列番号25に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号26に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(13))。

プライマーセット群F

配列番号1に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(1))、配列番号3に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号4に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(2))、配列番号9に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号10に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(5))、及び配列番号17に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセット(プライマーセット(9))。

請求項13

プライマーセット(1)が、配列番号1に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号2に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(2)が、配列番号3に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号4に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(3)が、配列番号5に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号6に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(4)が、配列番号7に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号8に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(5)が、配列番号9に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号10に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(6)が、配列番号11に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号12に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(7)が、配列番号13に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号14に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(8)が、配列番号15に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号16に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(9)が、配列番号17に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号18に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(10)が、配列番号19に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号20に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(11)が、配列番号21に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号22に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットであり、プライマーセット(13)が、配列番号25に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号26に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットである、請求項12記載のプライマーセット。

請求項14

プライマーセット群A及びBを含み、さらに、プライマーセット(1)、(5)及び(10)～(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を含む、請求項12又は13記載のプライマーセット。

請求項15

プライマーセット群A及びCを含み、さらに、プライマーセット(2)、(5)及び(11)～(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を含む、請求項12又は13記載のプライマーセット。

請求項16

プライマーセット群A及びDを含み、さらに、プライマーセット(2)、(5)、(10)、(12)及び(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を含む、請求項12又は13記載のプライマーセット。

請求項17

プライマーセット群A及びEを含み、さらに、プライマーセット(2)、(5)、(10)～(12)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を含む、請求項12又は13記載のプライマーセット。

請求項18

プライマーセット群A及びFを含み、さらに、プライマーセット(10)～(13)から選択される少なくとも1対のプライマーセット(ここで、プライマーセット(12)は、配列番号23に示す塩基配列をその3'側に含むフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列をその3'側に含むリバースプライマーとのセットである)を含む、請求項12又は13記載のプライマーセット。

請求項19

プライマーセット(12)が、配列番号23に示す塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号24に示す塩基配列からなるリバースプライマーとのセットである、請求項14ないし18のいずれか1項に記載のプライマーセット。

請求項20

請求項12ないし19のいずれか1項に記載のプライマーセットを含む、麹菌株の系統判別キット。

請求項21

麹菌株の醸造特性の予測用である請求項12ないし19のいずれか1項に記載のプライマーセット。

請求項22

請求項21記載のプライマーセットを含む、麹菌株の醸造特性の予測キット。